Este error SSL al clonar repositorio GIT suele aparecer en algunos repositorios. En mi caso particular apareció este error (server certificate verification failed) al clonar el repositorio de ffmpeg descrito en su propia página:
$ git clone https://git.ffmpeg.org/ffmpeg.git ffmpeg
Que produce el error:
fatal: unable to access ‘https://git.ffmpeg.org/ffmpeg.git/’: server certificate verification failed. CAfile: /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt CRLfile: none
Esto se debe a que GIT esta intentando validar el certificado SSL de dicho repositorio y rechaza el certificado puesto que tiene algún problema (por ejemplo puede estar autofirmado o no ser válido).