Para la instalación es necesario tener habilitados los repositorios Universe. Podemos buscar los paquetes necesarios en Synaptic llamados jflex y cup o bien ejecutamos en consola:
$ sudo apt-get install jflex cup
Para que las bibliotecas esten disponibles al realizar nuestros programas, debemos agregarlas al classpath del sistema. JFlex y Cup se encuentran en:
/usr/share/java
Por lo tanto, para incluir dichas bibliotecas en el classpath:
$ export CLASSPATH=$CLASSPATH:/usr/share/java/cup.jar:/usr/share/java/JFlex.jar
Si queremos que se ejecute en cada sesión y no tener que volver a hacerlo cada vez que iniciamos sesión siendo un cambio permanente, lo incluimos en el bashrc (ejecutandolo una sola vez y en una línea):
echo "export CLASSPATH=$CLASSPATH:/usr/share/java/cup.jar:/usr/share/java/JFlex.jar" | tee -a ~/.bashrc