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Solucionar error symbol lookup error: suhosin.so: undefined symbol: php_mb_encoding_translation en PHP 5.4 con cPanel

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Suhosin logo de Hardened PHP Project

Si has actualizado a PHP 5.4 en cPanel es posible que durante la subida de archivos u otras partes de tu código PHP te encuentres el siguiente error en el error_log de Apache.

/usr/bin/php: symbol lookup error: /usr/local/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20100525/suhosin.so:
 undefined symbol: php_mb_encoding_translation

Este error sólo se produce si además tienes activo Suhosin. Oficialmente PHP 5.4 no tiene soporte para Suhosin, pero esta extensión es muy necesaria para el uso de servidores compartidos, debido a que ofrece bastantes características de seguridad adicionales a la instalación base de PHP.

El problema se debe a que varias funciones relacionadas con mb string no estan presentes en el código fuente de PHP (probablemente porque cPanel usa una versión propia y ligeramente modificada del código original de PHP), donde puede haber sido eliminada la función php_mb_encoding_translation

Podemos observar, que en el código fuente de la versión PHP 5.4.19 se encuentra definida la función php_mb_encoding_translation() en concreto en /ext/mbstring/mbstring.c:102. Teóricamente esta función existe en el código nativo de PHP y suhosin debería poder utilizarla, pero al ser la versión PHP personalizada de cPanel no esta presente y suhosin falla al ejecutar el código php y eso producirá un error 500 en Apache abortando la ejecución del script.

Afortunadamente, existe un parche en Github en forma de Pull Request cuyo autor es Jan Ingvoldstad, que no ha sido aún aceptada después de más de 8 meses (al momento de escribir este artículo).

Puedes aplicar directamente el parche en el código fuente de github y compilarlo. En mi caso, he creado un repositorio aparte haciendo cherry picking del parche y de otros parches adicionales que corrigen otros errores en PHP 5.4 con suhosin y aún no han sido fusionados en el proyecto original.

La forma rápida de solucionarlo sería:

1 – Clonar mi repositorio de Suhosin con los parches aplicados (cherry picking)

git clone -b master --single-branch http://github.com/shakaran/suhosin.git suhosin-shakaran

2 – Compilar e instalar suhosin desde mi rama. En una sola línea sería:

cd suhosin-shakaran; phpize; ./configure; make; make install

Pero si quieres hacer tu propio cherry picking te explico como podrías hacer lo mismo que yo:

1 – Dirígete a github, en el repositorio oficial de suhosin y haz un fork del proyecto original

2 – Añade como repositorio remoto la rama de Jan Ingvoldstad

git remote add jani-upstream git://github.com/jani/suhosin.git

3 – Baja los commits de dicha rama (solo las referencias)

git fetch jani-upstream

4 – Haz un cherry pick del commit (parche) que arregla el fallo:

git cherry-pick e8beb4f50fa997c0ea4b923677deb275cc7660e

5 – Compila con:

cd suhosin-shakaran; phpize; ./configure; make; make install

Y listo, tendrás tu propio branch con tu parche aplicado.

El arte de depurar y perfilar con PHP

Depurar y perfilar funciones PHP gráficamente con XDebug, KCacheGrind y Webgrind en Ubuntu 11.10

El arte de depurar y perfilar con PHP
El arte de depurar y perfilar con PHP

En desarrollo web y por lo general, en cualquier aplicación que requiera tener una demanda escalable, son muy importantes los algoritmos empleados, las llamadas a funciones nativas y las estructuras de datos utilizadas.

En aplicaciones PHP con miles de líneas de código se necesita un diseño eficiente para poder manejar una buena ejecución del código PHP.

Principalmente se busca reducir el consumo de memoria y CPU al máximo posible, sin que la aplicación pierda funcionalidad, ni características. Para lograr este objetivo y que la aplicación sea escalable, se busca utilizar buenas herramientas de depuración y profiling (perfilado de rendimiento). Con ello se consigue que el programador o ingeniero disponga de una buena perspectiva de lo que esta haciendo a bajo nivel su aplicación y decidir en consecuencia que técnica aplicar.

El perfilado o medición del rendimiento (performance profiling) permite ejecutar código en un entorno controlado y devolver un listado con estadísticas de tiempo gastado en cada funcion, longitud de consultas a la base de datos o la cantidad de memoria que ha sido usada. De esta forma, se puede desechar codígo lento o superfluo de una manera muy rápida o incluso realizar pequeños trucos en partes críticas para ganar más rendimiento.

Herramientas

En PHP existen varias herramientas de depuración(debugging) y localización de cuellos de botella(bottleneck) para perfilado de rendimiento.

Las herramientas más utilizadas son:

  • BenchMark es un proyecto PEAR de PHP, pero actualmente no esta mantenido.
  • DBG PHP Debugger es otra herramienta de depuración que dispone de una versión comercial y otra gratuita. La versión gratuita sólo permite depurar la rama de versión 5.2 y la comercial la versión 5.3. La aplicación es bastante cara y parece que no tiene mucha actividad y estar sólo integrada con el IDE NuSphere PhpED.
  • El Depurador Avanzado de PHP (APD, del inglés “Advanced PHP Debugger“) es un proyecto PEAR de PHP escrito en C por George Schlossnagle and Daniel Cowgill. Es cargado como una extensión en el motor Zend y funciona enlazando e interceptando las llamadas a funciones en el núcleo de Zend. Esto permite la medición del tiempo de ejecución de una función, la vuelta atrás de pilas, etc. La documentación es mínima y los informes de depurado junto con funcionalidades son algo reducidas, por lo que en la práctica no es la opción más utilizada.
  • Xdebug es el depurador y perfilador por excelencia de PHP escrito por Derick Rethans. Tiene una gran variedad de parámetros de configuración, depuración remota, integración con muchos IDEs (Eclipse, Netbeans, etc), reportes coloreados, niveles máximos de anidación para el depurado, accionadores (triggers) para el perfilador, un conjunto de funciones (para puntos de ruptura, analisis de tiempos, etiquetado de código, etc), reemplazo de var_dump por funciones de visualización, trazas de la pila de ejecución,  trazas de funciones, análisis de cobertura de código,   etc.

Instalación y configuración de Xdebug

Puesto que Xdebug ofrece las mejores características y facilidades, es la opción preferida, ademas la instalación y configuración en Ubuntu 11.10 es bastante sencilla.

Se pueden bajar los f uentes y compilarlos, pero resulta más cómodo bajar del repositorio PEAR la aplicación e instalarla.

Para instalar el paquete PEAR, debemos tener previamente PEAR instalado:

$ sudo apt-get install php-pear php5-dev

Despues, instalamos Xdebug a través de PECL

$ sudo pecl install xdebug

Una vez finalizada la instalación, podemos encontrar la biblioteca compartida compilada en /usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so

Pasamos a configurar el php.ini para que cargue Xdebug. Por defecto Ubuntu 11.10 tiene varios php.ini, como son /etc/php5/cli/php.ini/etc/php5/apache2/php.ini. Este último es que se utiliza para la configuración global.

Pasamos a modo root:

$ sudo su -

Añadimos Xdebug al php.ini cargándolo como extensión zend y con el path completo, en nuestro caso el path es /usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so

# echo 'zend_extension = "/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so"' >> /etc/php5/apache2/php.ini

Después lo cargamos como extensión PHP:

# echo "extension=xdebug.so" >> /etc/php5/apache2/php.ini

Para comprobar que ha sido cargado, podemos mirar los módulos cargados de PHP:

# php -m | grep Xdebug
Xdebug

O bien en la información general:

# php -i | grep Xdebug
with Xdebug v2.1.2, Copyright (c) 2002-2011, by Derick Rethans

Si filtramos en minúsculas para la información general, podemos ver todas las opción de configuración:

# php -i | grep xdebug
xdebug
xdebug support => enabled
xdebug.auto_trace => Off => Off
xdebug.collect_assignments => Off => Off
xdebug.collect_includes => On => On
xdebug.collect_params => 0 => 0
xdebug.collect_return => Off => Off
xdebug.collect_vars => Off => Off
xdebug.default_enable => On => On
xdebug.dump.COOKIE => no value => no value
xdebug.dump.ENV => no value => no value
xdebug.dump.FILES => no value => no value
xdebug.dump.GET => no value => no value
xdebug.dump.POST => no value => no value
xdebug.dump.REQUEST => no value => no value
xdebug.dump.SERVER => no value => no value
xdebug.dump.SESSION => no value => no value
xdebug.dump_globals => On => On
xdebug.dump_once => On => On
xdebug.dump_undefined => Off => Off
xdebug.extended_info => On => On
xdebug.file_link_format => no value => no value
xdebug.idekey => root => no value
xdebug.manual_url => http://www.php.net => http://www.php.net
xdebug.max_nesting_level => 100 => 100
xdebug.overload_var_dump => On => On
xdebug.profiler_aggregate => Off => Off
xdebug.profiler_append => Off => Off
xdebug.profiler_enable => On => On
xdebug.profiler_enable_trigger => On => On
xdebug.profiler_output_dir => /var/www/webgrind/tmp => /var/www/webgrind/tmp
xdebug.profiler_output_name => cachegrind.out.%t.%p => cachegrind.out.%t.%p
xdebug.remote_autostart => Off => Off
xdebug.remote_connect_back => Off => Off
xdebug.remote_cookie_expire_time => 3600 => 3600
xdebug.remote_enable => On => On
xdebug.remote_handler => dbgp => dbgp
xdebug.remote_host => 127.0.0.1 => 127.0.0.1
xdebug.remote_log => no value => no value
xdebug.remote_mode => req => req
xdebug.remote_port => 9000 => 9000
xdebug.scream => Off => Off
xdebug.show_exception_trace => Off => Off
xdebug.show_local_vars => Off => Off
xdebug.show_mem_delta => Off => Off
xdebug.trace_format => 0 => 0
xdebug.trace_options => 0 => 0
xdebug.trace_output_dir => /tmp => /tmp
xdebug.trace_output_name => trace.%c => trace.%c
xdebug.var_display_max_children => 128 => 128
xdebug.var_display_max_data => 512 => 512
xdebug.var_display_max_depth => 3 => 3

Activando configuraciones en Xdebug

Para generar información de depuración, debemos activar como mínimo las siguientes configuraciones de la familia xdebug.profiler_*:

  • Primero escribimos la cabecera de configuraciónpara xdebug:
    # echo "[xdebug]" >> /etc/php5/cli/php.ini
  • xdebug.profiler_enable activa el perfilador de xdebug para que genere archivos de perfilado en un directorio de salida. Estos archivos puedes leerse por programas visualizadores gráficos de llamadas como KCacheGrind o Webgrindque será explicado más adelante. Esta configuración también puede habilitarse mediante la función ini_set() por lo que resulta interesante para activar selectivamente el perfilador en nuestras aplicaciones. Se activa con:
    # echo "xdebug.profiler_enable = 1" >> /etc/php5/cli/php.ini
  • xdebug.profiler_enable_triggerpermite generar archivos de perfilador usando el parámetro XDEBUG_PROFILE por peticiones GET/POST o establecer una cookie. Lo activamos con:
    # echo "xdebug.profiler_enable_trigger = 1" >> /etc/php5/cli/php.ini
  • xdebug.profiler_output_dir el valor por defecto donde el perfilador escribira su salida. Debe tener permisos de escritura para PHP y no puede ser establecida con ini_set(). Para propósitos posteriores, la estableceremos como:
    # echo 'xdebug.profiler_output_dir = "/var/www/webgrind/tmp"' >> /etc/php5/cli/php.ini
  • xdebug.profiler_output_name determina el nombre del archivo usado para las trazas de depuración. La configuración especifica el formato del nombre con los especificares de formato que son muy similares a sprintf() y strtime(). Por defecto es cachegrind.out.%p. Existe un un listado completo de los especificadoresdocumentados. Lo configuramos con:
    # echo "xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p" >> /etc/php5/cli/php.ini

La configuración mínima recomendada que resultaría al final del php.ini quedaría como:

zend_extension = "/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so
extension=xdebug.so

[xdebug]
xdebug.profiler_enable = 1
xdebug.profiler_enable_trigger = 1
xdebug.profiler_output_dir = "/var/www/webgrind/tmp"
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p

Si queremos activar ademas la depuración remota en un puerto y máquina (o bien en la misma), usaremos la familia de configuraciones xdebug.remote_*. Las mínimas recomendadas son:

  • xdebug.remote_enable si esta activado, Xdebug tratará de contactar con el cliente que este escuchando en el puerto y host configurad. Si la conexión no puede ser establecidad, el script continuará ejecutado como si estuviera desactivado. Lo activamos con:
    # echo "xdebug.remote_enable = 1" >> /etc/php5/cli/php.ini
  • xdebug.remote_host selecciona el host donde el cliente de depuración se ejecutará. Puede utilizar un nombre de host o una dirección IP. Lo configuramos con:
    # echo "xdebug.remote_host=127.0.0.1" >> /etc/php5/cli/php.ini
  • xdebug.remote_port el puerto al que Xdebug tratara de conectar en el host remoto. Por defecto es el puerto 9000, para el cliente y cliente de debug integrado. Lo configuramos con:
    # echo "xdebug.remote_port=9000" >> /etc/php5/cli/php.ini
  • xdebug.remote_handler puede ser ‘php3′ que selecciona el depurador antiguo para PHP3, tambiíen puede ser ‘gdb’ que habilita el depurador GDB o bien el protocolo de depuración con ‘dbgp’. El protocolo de depuraciónesta por lo general más soportado por los clientes. Lo configuramos con:
    # echo "xdebug.remote_handler=dbgp" >> /etc/php5/cli/php.ini

Puedes ver más información en la introducción al depurado remoto de Xdebug.

Por lo que el resultado final sería:

zend_extension = "/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so
extension=xdebug.so

[xdebug]
xdebug.profiler_enable = 1
xdebug.profiler_enable_trigger = 1
xdebug.profiler_output_dir = "/var/www/webgrind/tmp"
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p
xdebug.remote_enable=true
xdebug.remote_host=127.0.0.1
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_handler=dbgp

Instalando KCacheGrind

KCacheGrind es un programa de escritorio (en especial para diseñado para KDE, pero compatible para GNOME) escrito para visualizar los archivos de depuración generados por xdebug. Es un frontend de Callgrind, que a su vez usa en tiempo de ejecución al framework de Valgrind para simulación de caches y generación de las llamadas gráficas. Un aspecto a recalcar es que incluso las bibliotecas compartidas que son abiertas dinamicamente son perfiladas. Podemos abrir con el archivos de depuración con formato Callgrind generados con xdebug de forma bastante rápida.

Para instalarlo simplemente:

$ sudo apt-get install kcachegrind

Por ejemplo podemos crear un archivo con la información de PHP para ver un ejemplo sencillo de depuración y ejecutarlo para que se genere un archivo cachegrind.out, que podamos abrir con KCacheGrind:

# echo "<?php phpinfo(); ?>" >> /var/www/phpinfo.php

Como resultado, obtendríamos un grafo y los tiempos de ejecución globales y relativos implicados:

KCacheGrind - Ejemplo sencillo con phpinfo()Ejemplo de depuración de phpinfo() con KCacheGrind

Es una aplicación bastante notable, pero en su lugar es más recomendable usar Webgrind como frontend web, que veremos a continuación.

Instalar webgrind

Webgrind 1.0 logo

Webgrind es un perfilador gráfico de PHP via web escrito en PHP por Joakim Nygård y Jacob Oettinger. Tiene como dependencia Xdebug ya que es en realidad un wrapper web no completo de las funciones de KCacheGrind como reemplazo de frontend web de xdebug (existe incluso una proposición de Google Summer of Code aceptada por Chung-Yang Lee).

Su apareciencia es simple y agradable para depurar aplicaciones PHP. Es multiplataforma (al ser vía web) y permite seguimiento de los tiempos empleados por cada llamada de función, por coste de ellas misma o coste inclusivo (el coste inclusivo es el tiempo dentro de la función mas llamadas internas de esa función a otras).

También permite ver tiempo de llamadas internas y llamadas de usuario diciendo la llamada por la que fue invocada previamente.

Descargamos la aplicación de github, ya que en el momento de escribir este artículo están haciendo una migración de google code a github (también puedes hacer un checkout del repo, aunque puede ser inestable):

$ wget https://github.com/downloads/jokkedk/webgrind/webgrind-release-1.0.zip

Descomprimos:

$ unzip webgrind-release-1.0.zip

En ubuntu el DocumentRoot de Apache esta establecido por defecto en /var/www según /etc/apache2/sites-available/default

Luego, copiaremos los fuentes de webgrind y crearemos los archivos temporales que configuramos como directorio de salida en el perfilador de Xdebug:

$ sudo mv webgrind /var/www
$ sudo mkdir /var/www/webgrind/tmp
$ sudo chmod 777 /var/www/webgrind/tmp

Editamos el archivo de configuración e introducimos la ruta de directorio de salida de xdebug:

$ sudo vi /var/www/webgrind/config.php

Busca las variables $storageDir y $profilerDir y escribe:

static $storageDir = '/var/www/webgrind/tmp';
static $profilerDir = '/var/www/webgrind/tmp';

Nos aseguramos de todos los archivos tienen los permisos de grupo correctos de Apache:

$ sudo chown -R www-data.www-data /var/www/webgrind/

Si además queremos que no se creen archivos de depuración para el propio webgrind, creamos un archivo .htaccess en el directorio de webgrind desactivandolo:

php_flag xdebug.profiler_enable 0

Para entrar a la interfaz web de Webgrind, simplemente escribe en tu navegador http://localhost/webgrind/ y aparecerá disponible un listado de archivos cachegrind* donde podemos ver la traza y tiempos de depuración del perfilador:

Traza de depuración de phpinfo() con WebgrindTraza de depuración de phpinfo() con Webgrind

Apache error 500: eAccelerator: shmmax should be at least 2MB

Este molesto error aparece en algunos servidores que puedan tener instalados cPanel con eAccelerator. Puede ser que alguna actualización de cPanel cambie valores por defecto del php.ini de PHP y en mi opinión una de las posibles y frecuentes causas de este fallo.

Para solucionarlo, encuentra el php.ini de tu sistema cPanel, normalmente ubicado en /usr/local/lib/php.ini

Se trata de buscar la variableeaccelerator.shm_max” y ponerle un valor mayor o igual a 2 MB. Puedes hacer un filtrado de la cadena para asegurarte que la tienes y con que valor con:

cat /usr/local/lib/php.ini | grep eaccelerator.shm_max

Por ejemplo puede salirte algo como:

eaccelerator.shm_max="0"

Es decir, que usa 0 o el valor por defecto.

Luego si tienes dicha variable puedes cambiarlo con este comando de sed (stream editor) rápidamente:

sudo sed -i 's/eaccelerator.shm_max=\"0\"/eaccelerator.shm_max=\"2M\"/g' /usr/local/lib/php.ini

O bien editar por ejemplo con el editor nano:

nano /usr/local/lib/php.ini

Y poner:

eaccelerator.shm_max="2"

También puedes jugar con la variable eaccelerator.shm_size.

Si te sigue dando problemas eAccelerator otra solución más drástica es desactivarlo, es decir, poner un “;” delante del extension="eaccelerator.so" (puede variar la ruta).

Debes tener en cuenta que el valor por defecto del tamaño de memoria compartida para el kernel 2.6 es de 32 mb.

Puedes cambiar este tamaño al valor deseado en /proc/sys/kernel/shmmax.

Por ejemplo con:

echo VALOR > /proc/sys/kernel/shmmax

O añadir la linea kernel.shmmax=VALOR a /etc/sysctl.conf así no tendrás que establecerlo manualmente cada vez que reinicies.

Por otro lado, si estas usando un VPS, asegúrate de que la memoria compartida y los buffers para sockets en la configuración del VPS son suficientes.

Para OpenVZ o tipos similares, puede comprobarlo con:

cat /proc/user_beancounter

Para un caso normal, el fail count (failcnt) debería ser cero. Si necesitaras más, deberías preguntar a tu proveedor VPS para agrandar el límite hasta que eAccelerator no fallara.

Fuentes

Documentacion eAccelerator: shm_max

Documentacion eAccelerator: shm_size

FAQ eAccelerator