El arte de depurar y perfilar con PHP

En desarrollo web y por lo general, en cualquier aplicación que requiera tener una demanda escalable, son muy importantes los algoritmos empleados, las llamadas a funciones nativas y las estructuras de datos utilizadas.

En aplicaciones PHP con miles de líneas de código se necesita un diseño eficiente para poder manejar una buena ejecución del código PHP.

Principalmente se busca reducir el consumo de memoria y CPU al máximo posible, sin que la aplicación pierda funcionalidad, ni características. Para lograr este objetivo y que la aplicación sea escalable, se busca utilizar buenas herramientas de depuración y profiling (perfilado de rendimiento). Con ello se consigue que el programador o ingeniero disponga de una buena perspectiva de lo que esta haciendo a bajo nivel su aplicación y decidir en consecuencia que técnica aplicar.

El perfilado o medición del rendimiento (performance profiling) permite ejecutar código en un entorno controlado y devolver un listado con estadísticas de tiempo gastado en cada funcion, longitud de consultas a la base de datos o la cantidad de memoria que ha sido usada. De esta forma, se puede desechar codígo lento o superfluo de una manera muy rápida o incluso realizar pequeños trucos en partes críticas para ganar más rendimiento.

Herramientas

En PHP existen varias herramientas de depuración(debugging) y localización de cuellos de botella(bottleneck) para perfilado de rendimiento.

Las herramientas más utilizadas son:

• BenchMark es un proyecto PEAR de PHP, pero actualmente no esta mantenido.
• DBG PHP Debugger es otra herramienta de depuración que dispone de una versión comercial y otra gratuita. La versión gratuita sólo permite depurar la rama de versión 5.2 y la comercial la versión 5.3. La aplicación es bastante cara y parece que no tiene mucha actividad y estar sólo integrada con el IDE NuSphere PhpED.
• El Depurador Avanzado de PHP (APD, del inglés “Advanced PHP Debugger“) es un proyecto PEAR de PHP escrito en C por George Schlossnagle and Daniel Cowgill. Es cargado como una extensión en el motor Zend y funciona enlazando e interceptando las llamadas a funciones en el núcleo de Zend. Esto permite la medición del tiempo de ejecución de una función, la vuelta atrás de pilas, etc. La documentación es mínima y los informes de depurado junto con funcionalidades son algo reducidas, por lo que en la práctica no es la opción más utilizada.
• Xdebug es el depurador y perfilador por excelencia de PHP escrito por Derick Rethans. Tiene una gran variedad de parámetros de configuración, depuración remota, integración con muchos IDEs (Eclipse, Netbeans, etc), reportes coloreados, niveles máximos de anidación para el depurado, accionadores (triggers) para el perfilador, un conjunto de funciones (para puntos de ruptura, analisis de tiempos, etiquetado de código, etc), reemplazo de var_dump por funciones de visualización, trazas de la pila de ejecución,  trazas de funciones, análisis de cobertura de código,   etc.

Instalación y configuración de Xdebug

Puesto que Xdebug ofrece las mejores características y facilidades, es la opción preferida, ademas la instalación y configuración en Ubuntu 11.10 es bastante sencilla.

Se pueden bajar los f uentes y compilarlos, pero resulta más cómodo bajar del repositorio PEAR la aplicación e instalarla.

Para instalar el paquete PEAR, debemos tener previamente PEAR instalado:

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$ sudo apt-get install php-pear php5-dev

Despues, instalamos Xdebug a través de PECL

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$ sudo pecl install xdebug

Una vez finalizada la instalación, podemos encontrar la biblioteca compartida compilada en /usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so

Pasamos a configurar el php.ini para que cargue Xdebug. Por defecto Ubuntu 11.10 tiene varios php.ini, como son /etc/php5/cli/php.ini y /etc/php5/apache2/php.ini. Este último es que se utiliza para la configuración global.

Pasamos a modo root:

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$ sudo su -

Añadimos Xdebug al php.ini cargándolo como extensión zend y con el path completo, en nuestro caso el path es /usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so

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# echo 'zend_extension = "/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so"' >> /etc/php5/apache2/php.ini

Después lo cargamos como extensión PHP:

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# echo "extension=xdebug.so" >> /etc/php5/apache2/php.ini

Para comprobar que ha sido cargado, podemos mirar los módulos cargados de PHP:

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# php -m | grep Xdebug
Xdebug

O bien en la información general:

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# php -i | grep Xdebug
with Xdebug v2.1.2, Copyright (c) 2002-2011, by Derick Rethans

Si filtramos en minúsculas para la información general, podemos ver todas las opción de configuración:

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# php -i | grep xdebug
xdebug
xdebug support => enabled
xdebug.auto_trace => Off => Off
xdebug.collect_assignments => Off => Off
xdebug.collect_includes => On => On
xdebug.collect_params => 0 => 0
xdebug.collect_return => Off => Off
xdebug.collect_vars => Off => Off
xdebug.default_enable => On => On
xdebug.dump.COOKIE => no value => no value
xdebug.dump.ENV => no value => no value
xdebug.dump.FILES => no value => no value
xdebug.dump.GET => no value => no value
xdebug.dump.POST => no value => no value
xdebug.dump.REQUEST => no value => no value
xdebug.dump.SERVER => no value => no value
xdebug.dump.SESSION => no value => no value
xdebug.dump_globals => On => On
xdebug.dump_once => On => On
xdebug.dump_undefined => Off => Off
xdebug.extended_info => On => On
xdebug.file_link_format => no value => no value
xdebug.idekey => root => no value
xdebug.manual_url => http://www.php.net => http://www.php.net
xdebug.max_nesting_level => 100 => 100
xdebug.overload_var_dump => On => On
xdebug.profiler_aggregate => Off => Off
xdebug.profiler_append => Off => Off
xdebug.profiler_enable => On => On
xdebug.profiler_enable_trigger => On => On
xdebug.profiler_output_dir => /var/www/webgrind/tmp => /var/www/webgrind/tmp
xdebug.profiler_output_name => cachegrind.out.%t.%p => cachegrind.out.%t.%p
xdebug.remote_autostart => Off => Off
xdebug.remote_connect_back => Off => Off
xdebug.remote_cookie_expire_time => 3600 => 3600
xdebug.remote_enable => On => On
xdebug.remote_handler => dbgp => dbgp
xdebug.remote_host => 127.0.0.1 => 127.0.0.1
xdebug.remote_log => no value => no value
xdebug.remote_mode => req => req
xdebug.remote_port => 9000 => 9000
xdebug.scream => Off => Off
xdebug.show_exception_trace => Off => Off
xdebug.show_local_vars => Off => Off
xdebug.show_mem_delta => Off => Off
xdebug.trace_format => 0 => 0
xdebug.trace_options => 0 => 0
xdebug.trace_output_dir => /tmp => /tmp
xdebug.trace_output_name => trace.%c => trace.%c
xdebug.var_display_max_children => 128 => 128
xdebug.var_display_max_data => 512 => 512
xdebug.var_display_max_depth => 3 => 3

Activando configuraciones en Xdebug

Para generar información de depuración, debemos activar como mínimo las siguientes configuraciones de la familia xdebug.profiler_*:

• Primero escribimos la cabecera de configuraciónpara xdebug:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "[xdebug]" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.profiler_enable activa el perfilador de xdebug para que genere archivos de perfilado en un directorio de salida. Estos archivos puedes leerse por programas visualizadores gráficos de llamadas como KCacheGrind o Webgrindque será explicado más adelante. Esta configuración también puede habilitarse mediante la función ini_set() por lo que resulta interesante para activar selectivamente el perfilador en nuestras aplicaciones. Se activa con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.profiler_enable = 1" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.profiler_enable_triggerpermite generar archivos de perfilador usando el parámetro XDEBUG_PROFILE por peticiones GET/POST o establecer una cookie. Lo activamos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.profiler_enable_trigger = 1" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.profiler_output_dir el valor por defecto donde el perfilador escribira su salida. Debe tener permisos de escritura para PHP y no puede ser establecida con ini_set(). Para propósitos posteriores, la estableceremos como:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo 'xdebug.profiler_output_dir = "/var/www/webgrind/tmp"' >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.profiler_output_name determina el nombre del archivo usado para las trazas de depuración. La configuración especifica el formato del nombre con los especificares de formato que son muy similares a sprintf() y strtime(). Por defecto es cachegrind.out.%p. Existe un un listado completo de los especificadoresdocumentados. Lo configuramos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p" >> /etc/php5/cli/php.ini

La configuración mínima recomendada que resultaría al final del php.ini quedaría como:

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zend_extension = "/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so
extension=xdebug.so
 
[xdebug]
xdebug.profiler_enable = 1
xdebug.profiler_enable_trigger = 1
xdebug.profiler_output_dir = "/var/www/webgrind/tmp"
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p

Si queremos activar ademas la depuración remota en un puerto y máquina (o bien en la misma), usaremos la familia de configuraciones xdebug.remote_*. Las mínimas recomendadas son:

• xdebug.remote_enable si esta activado, Xdebug tratará de contactar con el cliente que este escuchando en el puerto y host configurad. Si la conexión no puede ser establecidad, el script continuará ejecutado como si estuviera desactivado. Lo activamos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.<a title="xdebug.remote_enable config option" href="http://xdebug.org/docs/all_settings#remote_enable" target="_blank">remote_enable</a> = 1" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.remote_host selecciona el host donde el cliente de depuración se ejecutará. Puede utilizar un nombre de host o una dirección IP. Lo configuramos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.remote_host=127.0.0.1" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.remote_port el puerto al que Xdebug tratara de conectar en el host remoto. Por defecto es el puerto 9000, para el cliente y cliente de debug integrado. Lo configuramos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.remote_port=9000" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.remote_handler puede ser ‘php3′ que selecciona el depurador antiguo para PHP3, tambiíen puede ser ’gdb’ que habilita el depurador GDB o bien el protocolo de depuración con ‘dbgp’. El protocolo de depuraciónesta por lo general más soportado por los clientes. Lo configuramos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.remote_handler=dbgp" >> /etc/php5/cli/php.ini

Puedes ver más información en la introducción al depurado remoto de Xdebug.

Por lo que el resultado final sería:

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zend_extension = "/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so
extension=xdebug.so
 
[xdebug]
xdebug.profiler_enable = 1
xdebug.profiler_enable_trigger = 1
xdebug.profiler_output_dir = "/var/www/webgrind/tmp"
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p
xdebug.remote_enable=true
xdebug.remote_host=127.0.0.1
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_handler=dbgp

Instalando KCacheGrind

KCacheGrind es un programa de escritorio (en especial para diseñado para KDE, pero compatible para GNOME) escrito para visualizar los archivos de depuración generados por xdebug. Es un frontend de Callgrind, que a su vez usa en tiempo de ejecución al framework de Valgrind para simulación de caches y generación de las llamadas gráficas. Un aspecto a recalcar es que incluso las bibliotecas compartidas que son abiertas dinamicamente son perfiladas. Podemos abrir con el archivos de depuración con formato Callgrind generados con xdebug de forma bastante rápida.

Para instalarlo simplemente:

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$ sudo apt-get install kcachegrind

Por ejemplo podemos crear un archivo con la información de PHP para ver un ejemplo sencillo de depuración y ejecutarlo para que se genere un archivo cachegrind.out, que podamos abrir con KCacheGrind:

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# echo "<?php phpinfo(); ?>" >> /var/www/phpinfo.php

Como resultado, obtendríamos un grafo y los tiempos de ejecución globales y relativos implicados:

Es una aplicación bastante notable, pero en su lugar es más recomendable usar Webgrind como frontend web, que veremos a continuación.

Instalar webgrind

Webgrind es un perfilador gráfico de PHP via web escrito en PHP por Joakim Nygård y Jacob Oettinger. Tiene como dependencia Xdebug ya que es en realidad un wrapper web no completo de las funciones de KCacheGrind como reemplazo de frontend web de xdebug (existe incluso una proposición de Google Summer of Code aceptada por Chung-Yang Lee).

Su apareciencia es simple y agradable para depurar aplicaciones PHP. Es multiplataforma (al ser vía web) y permite seguimiento de los tiempos empleados por cada llamada de función, por coste de ellas misma o coste inclusivo (el coste inclusivo es el tiempo dentro de la función mas llamadas internas de esa función a otras).

También permite ver tiempo de llamadas internas y llamadas de usuario diciendo la llamada por la que fue invocada previamente.

Descargamos la aplicación de github, ya que en el momento de escribir este artículo están haciendo una migración de google code a github (también puedes hacer un checkout del repo, aunque puede ser inestable):

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$ wget https://github.com/downloads/jokkedk/webgrind/webgrind-release-1.0.zip

Descomprimos:

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$ unzip webgrind-release-1.0.zip

En ubuntu el DocumentRoot de Apache esta establecido por defecto en /var/www según /etc/apache2/sites-available/default

Luego, copiaremos los fuentes de webgrind y crearemos los archivos temporales que configuramos como directorio de salida en el perfilador de Xdebug:

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$ sudo mv webgrind /var/www
$ sudo mkdir /var/www/webgrind/tmp
$ sudo chmod 777 /var/www/webgrind/tmp

Editamos el archivo de configuración e introducimos la ruta de directorio de salida de xdebug:

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$ sudo vi /var/www/webgrind/config.php

Busca las variables $storageDir y $profilerDir y escribe:

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static $storageDir = '/var/www/webgrind/tmp';
static $profilerDir = '/var/www/webgrind/tmp';

Nos aseguramos de todos los archivos tienen los permisos de grupo correctos de Apache:

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$ sudo chown -R www-data.www-data /var/www/webgrind/

Si además queremos que no se creen archivos de depuración para el propio webgrind, creamos un archivo .htaccess en el directorio de webgrind desactivandolo:

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php_flag xdebug.profiler_enable 0

Para entrar a la interfaz web de Webgrind, simplemente escribe en tu navegador http://localhost/webgrind/ y aparecerá disponible un listado de archivos cachegrind* donde podemos ver la traza y tiempos de depuración del perfilador:

I am working on the next version of Tivion (called Nepiron), that for the moment it’s a bugfix release with some interesting features.

The release is dated for some months ago, but I am a little busy with the homework from university, participating on new CULS5 (with a new project, still unrevealed), developing my own game with my friends, collaborating as main developer on some open source projects and managing my own hosting company. So patience, I am working on my spare time (mostly on lately night, when the normal people sleep).

On previous nights, I worked on real support for maverick release on Ubuntu (it works on development version, but need a .deb binary), add/modify some channels, and the most important feature, doing a auto channel updater for Tivion.

On previous releases, I update the list channel each time, but honestly my releases are not very often. So I get some emails requesting updates for channels, or making a automatic updater.

That’s was easy with Python, I use the bazaar repository with the last url commited. Then, I get the last channels commited when I want, for release only the new channels at time. So, Tivion only check the url with a timestamp (Unix formatted date) and if the timestamp is more recent, just grab the new channels.

If you get the development version of Tivion, each time that you start Tivion, you get the last list of channels avaliable. But not all it’s party. I still need refresh the channels on the GUI, show a popup notification or make a option on preferences for enable/disable the auto channel updater, manual updater (some ideas more are welcome).

So stay tuned for updates, the fun is coming!

MPI es una interfaz, API o especificación para el paso de mensajes (síncronos y asíncronos) entre ordenadores para permitir una comunicación. Generalmente es usado en supercomputadores, clusters de computadores y en general sistemas distribuidos ya que no requiere memoria compartida.

Existen muchas implementaciones de MPI y en multitud de lenguajes. Las implementaciones más usadas son las escritas en C y C++.

OpenMPI Logo

En este artículo usaremos la implementación de software libre OpenMPI escrita en C por un consorcio de acádemicos, investigadores e industrias afines. Esta implementación soporta la versión MPI-2 de 1997 por lo que esta muy capacitada para desarrollos profesionales.

Para instalarla en Ubuntu, en mi caso Ubuntu Maverick 10.10:

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$ sudo apt-get install libopenmpi-dev openmpi-bin openmpi-doc

Puedes probar un ejemplo simple con el siguiente código:

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#include < stdio.h>
#include < mpi.h>
 
int main(int argc, char** argv)
{
    int myrank, nprocs;
 
    MPI_Init(&argc, &argv);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myrank);
 
    printf("Hello from processor %d of %d\n", myrank, nprocs);
 
    MPI_Finalize();
    return 0;
}

Compilarlo con:

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$ mpicc MPI_Hello.c -o MPI_Hello

Y ejecutarlo con:

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$ mpiexec -n 5 MPI_Hello

Obtendrás una salida similar a:

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$ mpiexec -n 5 MPI_Hello
Hello from processor 1 of 5
Hello from processor 0 of 5
Hello from processor 2 of 5
Hello from processor 4 of 5
Hello from processor 3 of 5

Obviamente más ejecuciones pueden darte resultados distintos o diferir de este, ya que cada procesador puede ejecutarse en diferentes momentos.

Integrar entorno de desarrollo Geany

Si además deseas integrar un IDE como Geany para hacer el proceso de compilación y ejecución fácil y rápido, puedes seguir los siguientes pasos para poder compilar un programa MPI con Geany:

1. Descargar el archivo de etiquetas C para OpenMPI y copiarlo a ~/.config/geany/tags/

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$ wget http://shakaran.net/blog/wp-content/uploads/openmpi.c.tags
$ cp openmpi.c.tags ~/.config/geany/tags/

Actualización: También puedes generar el fichero con:

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$ geany -g -P openmpi.c.tags /usr/include/mpi.h

2. Abrir el ejemplo MPI anterior con Geany

3. Establecer las configuraciones de compilación. Para ello, pinchar en el menú “Construir > Establecer comandos de construcción”

En compilar poner:

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mpicc -Wall "%f" -o "%e"

En ejecutar:

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mpiexec -n 5 "%e"

Debería quedarte algo como en esta imagen (pinchar para ampliar):

Configuraciones de compilacion